您好！針對您的問題，根據(jù)我所了解的相關(guān)稅務(wù)法規(guī)和實踐，以下是我的解答：

1. 關(guān)于增值稅專用發(fā)票的開具金額：
根據(jù)稅務(wù)規(guī)定，增值稅專用發(fā)票的開具金額應(yīng)當(dāng)與實際交易金額相符。在您提供的情況中，合同總額為50萬元，但實際上已經(jīng)收到的貨款是40萬元，因此，您目前可以開具40萬元的增值稅專用發(fā)票。

2. 質(zhì)保金的處理：
質(zhì)保金通常是為了保證產(chǎn)品質(zhì)量而設(shè)立的一部分款項，在質(zhì)保期結(jié)束后，如果沒有質(zhì)量問題，理應(yīng)返還給購買方。關(guān)于10萬元質(zhì)保金，您可以在質(zhì)保期滿后，根據(jù)實際情況處理：
- 如果質(zhì)保期內(nèi)沒有發(fā)生質(zhì)量問題，或者質(zhì)保金無需全額扣除，那么剩余的質(zhì)保金在返還給購買方時，不應(yīng)再開發(fā)票。
- 如果質(zhì)保金被部分或全額扣除，那么扣除部分對應(yīng)的金額應(yīng)當(dāng)補開增值稅專用發(fā)票。

3. 具體操作建議：
- 目前可以先為已收到的40萬元貨款開具增值稅專用發(fā)票。
- 對于10萬元質(zhì)保金，應(yīng)在質(zhì)保期滿，并根據(jù)最終結(jié)果決定是否需要開具發(fā)票。
- 請注意，所有發(fā)票的開具都應(yīng)與實際發(fā)生的交易相匹配，確保稅務(wù)處理的合規(guī)性。

4. 需要注意的問題：
- 若合同中明確指出質(zhì)保金在質(zhì)保期后無論是否發(fā)生質(zhì)量問題都不予退還，則可能需要在合同執(zhí)行初期就開具全額發(fā)票。
- 請咨詢專業(yè)稅務(wù)顧問或稅務(wù)機關(guān)，以獲得針對您具體情況的準(zhǔn)確指導(dǎo)。

希望我的回答能夠?qū)δ兴鶐椭暨€有其他問題，請隨時提問。祝您工作順利！