可以以分包工程不合格拒絕支付全部工程款，但這需要根據(jù)具體情況和法律規(guī)定來處理。

1. 根據(jù)《中華人民共和國合同法》的規(guī)定，當(dāng)一方未按照合同的約定履行義務(wù)，另一方有權(quán)請求履行或者解除合同，并有權(quán)請求損害賠償。如果分包工程確實存在質(zhì)量問題，不符合合同約定的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)，發(fā)包方可以要求分包方承擔(dān)違約責(zé)任。

但是，拒絕支付全部工程款需要根據(jù)以下原則進(jìn)行：

a. 差額支付：如果分包工程部分合格，部分不合格，發(fā)包方應(yīng)按照合格部分支付相應(yīng)的工程款，對于不合格部分，可以拒絕支付。

b. 修復(fù)費(fèi)用：如果分包方愿意修復(fù)不合格的部分，并承擔(dān)相應(yīng)修復(fù)費(fèi)用，發(fā)包方應(yīng)在修復(fù)后支付相應(yīng)的工程款。

2. 在處理分包工程不合格問題時，以下步驟需要遵循：

a. 驗收：發(fā)包方應(yīng)在工程驗收階段，對分包工程進(jìn)行質(zhì)量檢查，確保工程符合約定質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。

b. 通知：如發(fā)現(xiàn)質(zhì)量問題，發(fā)包方應(yīng)及時通知分包方，并要求其在規(guī)定時間內(nèi)進(jìn)行整改。

c. 證據(jù)收集：在處理質(zhì)量問題時，雙方應(yīng)收集相關(guān)證據(jù)，以便在糾紛解決時提供依據(jù)。

3. 注意事項：

a. 在簽訂分包合同時，應(yīng)明確約定質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)和驗收標(biāo)準(zhǔn)，以便在發(fā)生質(zhì)量問題時有明確的依據(jù)。

b. 如果分包方拒絕修復(fù)或無法在規(guī)定時間內(nèi)完成修復(fù)，發(fā)包方可以拒絕支付相應(yīng)工程款，并有權(quán)追究分包方的違約責(zé)任。

總之，在處理分包工程不合格問題時，應(yīng)遵循法律規(guī)定，按照合同約定進(jìn)行處理。在確保自身權(quán)益的同時，也要注意維護(hù)雙方的合法權(quán)益。如有疑問，建議咨詢專業(yè)律師。希望以上解答對您有所幫助。