一是審計(jì)的內(nèi)容和目的不同
內(nèi)部審計(jì)的內(nèi)容主要是依據(jù)企業(yè)經(jīng)營(yíng)戰(zhàn)略目標(biāo)、單位內(nèi)部的定額、計(jì)劃指標(biāo)及內(nèi)部管理制度等，檢查企業(yè)各項(xiàng)內(nèi)部控制的執(zhí)行情況、經(jīng)濟(jì)活動(dòng)取得的經(jīng)濟(jì)效益等，提出各項(xiàng)改善措施，評(píng)價(jià)企業(yè)內(nèi)部受托經(jīng)濟(jì)責(zé)任的履行情況等。內(nèi)部審計(jì)的種類，包括財(cái)務(wù)審計(jì)、經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)、經(jīng)營(yíng)業(yè)務(wù)審計(jì)和管理審計(jì)等。而外部審計(jì)則是依據(jù)《獨(dú)立審計(jì)準(zhǔn)則》，主要審查企業(yè)經(jīng)濟(jì)活動(dòng)的真實(shí)性和合法性等方面，對(duì)被審單位會(huì)計(jì)報(bào)表的合法性和公允性發(fā)表審計(jì)意見(jiàn)，并未較多觸及經(jīng)濟(jì)效益審計(jì)和管理審計(jì)等方面。因此，內(nèi)部審計(jì)在深度和廣度方面要比外部審計(jì)要求高。
二是審計(jì)的服務(wù)對(duì)象不同
內(nèi)部審計(jì)人員在處理企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)管理活動(dòng)的問(wèn)題中，充當(dāng)企業(yè)管理當(dāng)局的參謀和助手，并幫助各級(jí)管理人員有效地履行他們的職責(zé)，其主要的、直接的服務(wù)對(duì)象就是包括企業(yè)管理當(dāng)局和董事會(huì)在內(nèi)的組織內(nèi)部的各級(jí)管理人員。通常，外部審計(jì)人員是受托對(duì)企業(yè)的財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)表進(jìn)行年度審計(jì)，其服務(wù)對(duì)象是與企業(yè)利益相關(guān)的社會(huì)各界，包括股東、銀行、債權(quán)人、政府和潛在的投資者等。當(dāng)然，這不排除他們的意見(jiàn)被企業(yè)管理當(dāng)局和董事會(huì)采用的情況，但這是次要的，不是其主要的使命和目的。
三是審計(jì)作用的范圍不同
內(nèi)部審計(jì)所發(fā)揮的作用一般僅局限于組織內(nèi)部，只有當(dāng)正確的審計(jì)結(jié)論和建議被采納并及時(shí)采取改進(jìn)行動(dòng)時(shí)，才會(huì)產(chǎn)生具有建設(shè)性的實(shí)際效果。內(nèi)部審計(jì)人員對(duì)生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)管理所持的觀點(diǎn)和看法一般不向外界透露，具有一定的保密性。而外部審計(jì)人員對(duì)財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)表所表述的審計(jì)意見(jiàn)和結(jié)論要公布于眾，客觀上起到了社會(huì)公正的作用，其作用的覆蓋面比內(nèi)部審計(jì)要廣闊的多。
四是與內(nèi)部控制的關(guān)系程度不同
外部審計(jì)人員的興趣主要集中在內(nèi)部會(huì)計(jì)控制，以及對(duì)會(huì)計(jì)信息的真實(shí)性和完整性有實(shí)質(zhì)性影響的相關(guān)控制，而內(nèi)部審計(jì)人員則對(duì)整個(gè)內(nèi)部控制系統(tǒng)，包括內(nèi)部會(huì)計(jì)控制都給予了極大的關(guān)注。而且，兩者的出發(fā)點(diǎn)不同，外部審計(jì)人員之所以關(guān)心內(nèi)部控制，是因?yàn)樗鼈冇绊懫湓O(shè)計(jì)的審計(jì)程序性質(zhì)和進(jìn)行實(shí)質(zhì)性測(cè)試的范圍，這與他們對(duì)財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)表發(fā)表獨(dú)立意見(jiàn)相比是次要的。內(nèi)部審計(jì)人員關(guān)心內(nèi)部控制的目的在于檢查和評(píng)價(jià)內(nèi)部控制系統(tǒng)的適當(dāng)性和有效性，并針對(duì)控制的缺陷提出強(qiáng)化控制的意見(jiàn)和措施。
五是審計(jì)的范圍和時(shí)間不同
內(nèi)部審計(jì)的范圍涉及企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)管理的各個(gè)領(lǐng)域，它既可以借助于正式的記錄和文件，又可以依據(jù)非正式的記錄和文件;內(nèi)部審計(jì)通常對(duì)單位組織內(nèi)部采用定期或不定期的審計(jì)，時(shí)間安排比較靈活。而外部審計(jì)通常是定期審計(jì)，每年對(duì)被審單位的會(huì)計(jì)報(bào)表審計(jì)一次，其審計(jì)范圍主要局限于財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)領(lǐng)域及其相關(guān)的內(nèi)部控制系統(tǒng)，重點(diǎn)在于那些對(duì)財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)表的合法性和公允性有實(shí)質(zhì)性影響的重大事項(xiàng)，它只能依賴正式的記錄和文件。所以，內(nèi)部審計(jì)在審計(jì)的對(duì)象范圍上比外部審計(jì)要廣泛，在審計(jì)時(shí)間上也更為靈活。
六是審計(jì)程序不同
內(nèi)部審計(jì)的工作程序通常按照部門或經(jīng)營(yíng)地點(diǎn)來(lái)設(shè)計(jì)，會(huì)計(jì)記錄和報(bào)表的審查只是其工作的一小部分，大部分時(shí)間和精力都集中在內(nèi)部控制系統(tǒng)和工作質(zhì)量的檢查和評(píng)價(jià)上;而外部審計(jì)的程序一般針對(duì)財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)表所列項(xiàng)目來(lái)設(shè)計(jì)，絕大部分時(shí)間花費(fèi)在核實(shí)和驗(yàn)證報(bào)表各項(xiàng)目的余額是否真實(shí)、準(zhǔn)確、可靠，以及確認(rèn)所采用的會(huì)計(jì)原則和政策是否公允。