自2004年7月1日起，報(bào)關(guān)員注冊列入海關(guān)行政許可項(xiàng)目之一。報(bào)關(guān)員向海關(guān)提出注冊行政許可申請獲得批準(zhǔn)后，方可辦理注冊登記手續(xù)。行政許可期限為2年。到期前如繼續(xù)從事報(bào)關(guān)工作，則須辦理行政許可延續(xù)手續(xù)，符合行政許可條件的予以批準(zhǔn)延續(xù)2年。否則不予批準(zhǔn)。有關(guān)報(bào)關(guān)員考試資格證書有效期問題，請參閱海關(guān)總署（2019署令135號）。
報(bào)關(guān)員資格證的有效期按三個不同的階段劃分。
1.注冊前（從事報(bào)關(guān)員工作前）：就是考取資格證后不立即注冊，那么這個期限是三年。也就是說考取資格證后從發(fā)證日開始（按證書上的時(shí)間）算可以在三年內(nèi)注冊，超過第三年的最后期限仍沒有注冊就失效了。
2.注冊后（從事報(bào)關(guān)員工作期間）：報(bào)關(guān)員資格證注冊后海關(guān)會再發(fā)報(bào)關(guān)員證憑以履行報(bào)關(guān)員工作，需要每年參加年審，只要每年的年審?fù)ㄟ^說明注冊一直有效，資格證頁就是隨著一直有效。
3.注銷注冊（脫離報(bào)關(guān)員崗位期間）：離開你作為注冊的報(bào)關(guān)員工作的企業(yè)需要注銷你的注冊，注銷后到再次找到新的企業(yè)注冊前的這段時(shí)間被稱為脫離報(bào)關(guān)員崗位期間，這個期間你的報(bào)關(guān)員資格證仍然有效，有效的期限是兩年。有就是從你注銷之日開始算到你再次注冊期限是兩年。兩年期限截止后仍未注冊報(bào)關(guān)員資格證書失效。